התזמורת הוקמה בשנת 1996. מאז שנת פעילותה השניה מקיימת תזמורת כלי הנשיפה העירונית באר-שבע הופעות בבאר-שבע וברחבי הארץ.
כבר בקונצרט הבכורה, במרץ 1997, מנתה התזמורת כ-35 נגנים וניגנה יצירות מאת ג. מאהלר, א. חצ'טוריאן, י. גרציאני ועוד. הקהל היה מורכב מאורחים מהעיריה, אנשי מוסיקה בעיר, משפחות הנגנים וחבריהם, רובם ככולם מלווים את התזמורת מאז ועד היום ומהוים את הגרעין החם והמשפחתי שנותן אופי מיוחד להופעות התזמורת. עם השנים, יותר ויותר מאזינים מגיעים לקונצרטים, ובשנים האחרונות מתמלא האולם עד אפס מקום, לשמחתם הרבה של הנגנים והמנצח.
בשנת 1998 השתתפה התזמורת בקונצרט משותף ראשון עם תזמורת בוגרים נוספת, תזמורת הבוגרים שליד הקונסרבטוריון קרית אונו, בניצוחו של מר אהרון אלקלעי. הקונצרט נערך בבאר-שבע ובמהלכו נגנה כל תזמורת מספר יצירות, ולבסוף ניגנו שתי התזמורות יחד שלושה שירי לכת. במתכונת דומה, השתתפה התזמורת בקונצרט חגיגי לציון חגיגות היובל למדינה יחד עם תזמורת הנוער העירונית בניצוחו של מר חיים גפטר.
בשנת 1999, נוסף לקונצרט השנתי לסיכום שנת הפעילות, ניגנה התזמורת בשני קונצרטים משותפים. הראשון, נערך עם המקהלה הקאמרית באר-שבע, בניצוחה של אירה קלכמן-פטיסוב. שלושה שירים ישראליים בוצעו בנגינה ובשירה משותפים (בהם השיר לו יהי של נעמי שמר).הקונצרט השני היה קונצרט משותף של תזמורות כלי נשיפה בהשתתפות תזמורות כלי הנשיפה לבוגרים של כפר-סבא בניצוחו של מר נחמן יריב, של קרית-אונו בניצוחו של מר אהרון אלקלעי, ושל באר-שבע, בניצוחו שח מר ניסים אלשיך, כמובן. הקונצרט נערך בקרית-אונו. שערו בנפשכם למעלה ממאה נגני כלי נשיפה על במה אחת בנגינה משותפת...
בשנת 2000, הופיעו על הבמה בקונצרט השנתי כבר כ-45 נגנים. רמת הנגינה, שעלתה משנה לשנה, באה לידי ביטוי ביצירות ברמת קושי הולכת ועולה ובשבעה סולנים שהציגו את יכולתם המוסיקלית ואת יכולתה של התזמורת ללוותם בנגינתם. יריב שפר ניגן סולו לטנור סקסופון מאת שדבולט, מיכל אחיעם (חליל צד) וגבי מישור (קלרינט) ניגנו יצירה ישראלית מודרנית מאת ב. יוספוב, אלי רימון ניגן סולו לטובה (!) מאת הביס, שרונה קפון (אבוב) ותמי חיון (חליל צד) ניגנו את הפתחיה של וילהלם טל מאת רוסיני, תמי חיון וערן מוסקוביץ (חליל צד) ניגנו פולקה מאת הנרי מנסיני, ואיריס יבלונקה הפליאה בקסילופון ביצירה מאת ג'ק סימסון.
בשנת 2001 נפגשו בשנית שלוש התזמורות (קרית-אונו, כפר-סבא ובאר-שבע), הפעם בכפר-סבא. באותה שנה השתתפה התזמורת במפגש תזמורות נוסף, הפעם עם האורקסטרה של ראשון-לציון, בניצוחה של גב' לימור שיפוני, קונצרט שהתקיים בהיכל התרבות בראשון-לציון.
בשנת 2002 התכבדה התזמורת לארח לביקור גומלין את האורקסטרה של ראשון-לציון בבאר-שבע. דברי ועד התזמורת שנכתבו בתכניה של הקונצרט השנתי שסיכם את שנת הפעילות מסכמים את התהוותה של התזמורת:
ושוב נפגשים. סיפורה של מסורת שמתהווה. כבר ברור לנו, כפי שברור לרבים, שבהתקרב שנת הלימודים לסיומה מקיימת תזמורת כלי הנשיפה העירונית של באר-שבע קונצרט חגיגי. ובכל שנה מחדש זו אותה התרגשות.
בשנה הראשונה הייתה התרגשות רבה עם ההתחדשות.
בשנה השניה הייתה זו ההתפעלות מכך שיש לרעיון המשך.
השנה השלישית הייתה שנה של התמסדות, במהלכה ובמהלך השנה הרביעית גדלנו והשתפרנו.
בשנה שעברה חגגנו יום הולדת חמש לתזמורת בקונצרט חגיגי במיוחד. ואולי יש שהיו מצפים שדברים יהפכו למובנים מאיליהם, וככאלה יפסיקו לרגש. אז הרינו שמחים להעמידם על טעותם.
זו השנה השישית שאנו מלאי התרגשות. זו השנה השישית שאנו נהנים לעשות מוסיקה, ונהנים לשתף אתכם בחדוות היצירה שלנו...
שנת 2004 תיזכר כשנה של קונצרטים לזכרם של אנשים יקרים.
ב- 24.2.2004 ארגנה התזמורת קונצרט משותף עם אנסמבל יוצאי תזמורת צה"ל, בניצוחו של מר רפי פרימו, שהוקדש לזיכרו של המנצח, המעבד והמלחין, חתן פרס ישראל, יצחק (זיקו) גרציאני.
בערב יום הזיכרון לחללי מערכות ישראל, ד' אייר תשס"ד (25.4.2004) השתתפה התזמורת בעצרת הזיכרון המרכזית של באר-שבע, במעמד שר הביטחון, מר שאול מופז, ראש עירית באר-שבע, מר יעקב טרנר, ואלוף פיקוד הדרום, האלוף דן הראל.
ב- 3.7.2004 נערך הקונצרט השנתי החגיגי של התזמורת, שהוקדש לזכרו של גיורא זלצר, שהיה מעמודי התווך של התזמורת ושימש כיו"ר ועד התזמורת מיום הקמתה. גיורא נהרג בתאונת אופנוע בבאר-שבע ביום 27.11.2003 והוא בן 51. בהערכה ובגעגועים, אנו מקדישים באתר עמוד לזכרו של חבר.